《新生物学丛书》丛书序
译者序
前言
第1章格子聚合物和蛋白质模型
1.1链分子的简化模型
1.2简单的格子聚合物
1.3具有类蛋白质性质的简单格子聚合物
1.4最小类蛋白质模型
1.5高协调格子蛋白模型
1.6应用格子模型的蛋白质折叠和结构预测
参考文献
第2章蛋白质和多肽的多尺度对接
2.1引言
2.2刚性对接程序
2.3柔性对接
2.4CABS多尺度柔性对接
2.4.1柔性处理
2.4.2多肽对接到受体蛋白的示例
2.4.3蛋白质蛋白质对接
2.5展望
参考文献
第3章蛋白质粗粒化模型：理论与应用
3.1引言
3.2蛋白质粗粒化模型的发展史
3.3构象空间表示方式的选择
3.4相互作用设计形式
3.5粗粒化力场的获得
3.5.1基本公式
3.5.2统计势（玻耳兹曼原理）
3.5.3PMF的因子展开
3.5.4力匹配方法
3.5.5有效能量函数的优化
3.5.6“基于知识”和“基于物理”的势能
3.6粗粒化模型在蛋白质结构预测中的应用
3.7粗粒化模型在研究蛋白质动力学和热力学中的应用
3.8结论与展望
参考文献
第4章基于原子模型和粗粒化模型的结构预测与优化中的构象采样
4.1引言
4.2迭代结构优化框架
4.2.1采样效率的定量度量
4.3不同分辨率的蛋白质模型
4.3.1蛋白质的全原子模型
4.3.2蛋白质的粗粒化模型
4.4采样不同蛋白质模型进行迭代优化
4.4.1采样方法
4.4.2向天然态的精细优化
4.5结论与展望
参考文献
第5章蛋白质的有效全原子势
5.1引言
5.2有效势
5.3应用
5.3.1折叠热力学
5.3.2机械去折叠
5.3.3聚集性
5.4结论
参考文献
第6章蛋白质粗粒化模拟中的统计接触势：从两体到多体势
6.1引言
6.2基于知识的势函数的发展历史
6.2.1逆玻耳兹曼关系
6.2.2准化学近似
6.3距离无关的势函数
6.3.1采样权重
6.4距离相关的势函数
6.5几何势函数
6.6多体势
6.6.1四体接触势
6.6.2四体接触势的能量方程
6.7优 ...
