画三维结构软件rasmol

发表于 2019-4-8 10:48:19

画三维结构软件rasmol

一、命令行

1.文件载入　

命令格式：RasMol> load [文件格式] 文件名

支持的文件格式如下：
1)Protein Database（PDB）格式[默认]
2)Tripos Associate’Alchemy 格式
3)Sybyl Mol2格式、
4)Molecular Design Limited’s (MDL) Mol格式、
5)Minnesota Supercomputer Center’s （MSC） XYZ格式
6)CHARMm文件格式
7)MOPAC文件格式
8)CIF文件格式

2.显示模式

命令格式：RasMol> [显示模式][数值][回车]
比如：RasMol> Ribbons[回车]

特殊命令：
输入ssbonds，可以显示分子中的双硫键；
输入hbonds，可以显示氢键；
附：在命令行后加上数值，可以改变这些键显示的尺寸

3.Slab 模式

命令格式：RasMol> Slab 数值

作用：改变显示此分子部分的大小。

说明：数值从0—100，即从全部不显示到全部显示。

4.Labels

命令格式：RasMol> Labels [标注内容]

可以通过命令行窗口输入此命令

二、菜单说明

1.显示模式[Display]：

1)细线模式[Wireframe]：分子的原子用点表示，键位用细线表示；[小分子适用]
2)骨架模式[Backbone]：显示分子的大致骨架，用圆柱表示；
3)棒状模式[Sticks]：分子的键位用圆柱体表示；[小分子适用]
4)球体模式[Spacefill]：原子用球体表示，如同有机化学课本里的分子立体结构；
5)球棒模式[Ball&Stick]：用球-棒模式表示分子；
6)丝带模式[Ribbons]：用带状表示大分子；
7)网带模式[Strands]：用网状带子表示大分子；
8)卡通模式[Cartoons]：夸张表示法，表示某些特殊的结构。例如，用板条装代表蛋白质的β折叠，用弹簧状代表蛋白质的α螺旋。

2.颜色模式[Colours]：

1)单色[Monochrome]；
2)CPK：此模式是表示立体分子最常用、最传统的颜色模式，由Corey与Pauling开发，Kultun完善的，所以被称作CPK模式。该模式配色以原子为基本单位，具体方案为：
碳浅灰
氧红色
氢白色
氮浅蓝
硫黄色
磷橙色
氯、硼绿色
溴、锌、铜、镍褐色
钠蓝色
铁紫色
钙及其它金属原子深灰
未知深红。
3)定型[Shapely]：用于蛋白质与核酸分子的表示。每一种氨基酸与核酸的残基用一个特定的颜色来表示。
4)分组[Group]：根据氨基酸与核酸残基在分子链中的位置进行上色。每一条链，从蓝色、绿色、黄色、橙色到红色。蛋白质的N端与核酸的5’端为红色；蛋白质的C端与核酸的3’端为蓝色。如果一条链含有大量异种分子与它相连，则不一定从蓝色显示到红色。
5)分子链[Chain]：对蛋白质与核酸的每一根大分子链，均以单独的颜色显示。此种模式对展示蛋白质的亚基与DNA的双链结构均非常有用。
5)温度[Temperature]：用来表示不同原子在分子中的不同的温度值（储存在PDB文件中），主要用于衡量给定原子的可移动性。数值越高，越偏重于暖色（红）；数值越低，越偏重于冷色（蓝）。
6)结构[Structure]：主要用来表示蛋白质二级结构。α螺旋表示为深红色；β折迭表示为黄色；转角（Turn）表示为淡蓝色；其它残基的颜色为白色。
7)用户[User]：RasMol使用用户储存在PDB文件中的颜色方案显示三维分子。

3.选项列表[Options]

当用鼠标选择点击后，即为打开此选项，同时在选项前显示对勾；再次点击后，便取消此选项。
1)Slab 模式[Slab Mode]：RasMol设定水平方向为X轴，垂直方向为Y轴，垂直于显示屏向内为Z轴。当选定此选项时，程序形成一个垂直于Z轴的不可见平面，在此平面以外的分子结构不作显示。
2)H-原子[Hydrogens]：选定时，程序的任何操作均对氢原子有效，即立体图显示氢原子。而不选定时，则氢原子不作显示。
3)杂原子[Hetro Atoms]：选定时，大分子中的杂原子均显示，否则不作显示。[杂原子：水分子、辅因子、其它溶剂以及配体等]
4)反光[Specular]：选择所显示的三维分子是否在其表面反光，以使其三维立体效果更强。
5)阴影[Shadows]：选择显示分子是否产生投影效果，以使其三维立体效果更强。
6)立体[Stereo]：在主窗口上显示左右两个立体分子。
7)标注[Labels]：程序在主窗口上显示三维立体分子的同时，显示各原子或片段相应的信息。

请点击此处下载

请先注册会员后在进行下载

已注册会员，请先登录后下载

提取码:djhg
下载次数:1 状态:您未购买 售价:15℃
下载权限: 氦级以上或提升等级 [充铜板] [兑话费] [发资源赚铜板] [赚℃值]