蛋白质模拟 原理、发展和应用 王存新等编著
本书对蛋白质分子模拟领域的原理、发展和应用，特别是对该领域的热点和难点问题，结合实际进行了深入的讨论。本书力求做到理论联系实际，学术思想新颖，内容主要包括分子动力学模拟方法、蛋白质复合物结构预测、用分子模拟方法研究蛋白质折叠、粗粒化模型、长程静电相互作用，以及药物分子设计方法与应用。
第一部分分子动力学模拟方法
第1章分子动力学模拟的原理、方法与进展
1.1引言
1.2生物大分子的经典力学模型与常见力场
1.2.1经典力学模型
1.2.2常见分子力场
1.3积分算法
1.3.1体系的动力学方程
1.3.2动力学方程的数值解法
1.4周期性边界条件
1.5约束条件动力学模拟
1.5.1SHAKE算法
1.5.2LINCS算法
1.6非键相互作用
1.6.1短程相互作用
1.6.2MD模拟中长程静电相互作用的常用算法
1.7恒温恒压分子动力学模拟
1.7.1温度控制方法
1.7.2压力控制方法
1.8溶剂模型
1.8.1隐含溶剂模型
1.8.2显含溶剂模型
1.9分子动力学模拟的主要步骤
1.10蛋白质分子动力学模拟的进展与前景
参考文献
第2章拉伸分子动力学模拟
2.1引言
2.2拉伸分子动力学模拟方法
2.3拉伸分子动力学模拟实例
2.3.1周质结合蛋白与配体相互识别研究
2.3.2抗癌多肽p28与肿瘤抑制蛋白p53的拉伸分子动力学研究
参考文献
第3章膜蛋白体系的分子动力学模拟
3.1引言
3.2膜蛋白分子动力学模拟研究进展
3.2.1膜的性质和脂质分子的类型
3.2.2膜蛋白的性质和类型
3.2.3分子动力学模拟在膜研究方面的应用
3.2.4分子动力学模拟在膜蛋白体系的应用
3.3膜蛋白体系分子动力学模拟的基本方法和步骤
3.4BtuC—POPC膜蛋白体系的分子动力学模拟
3.4.1研究背景
3.4.2材料和方法
3.4.3结果和讨论
3.4.4总结和展望
参考文献
第4章蛋白质与DNA相互作用的分子动力学模拟
4.1引言
4.2蛋白质与DNA识别的结构特征
4.2.1DNA结合蛋白的结构特征
4.2.2蛋白质—DNA复合物的作用位点特征
4.3蛋白质—DNA识别的研究方法
4.3.1蛋白质与DNA的相互作用模式
4.3.2蛋白质—DNA相互作用的实验方法
4.3.3蛋白质—DNA识别研究的分子模拟方法
4.4HIV—1整合酶与病毒DNA识别的分子动力学模拟
4.4.1研究背景及意义
4.4.2体系和方法
4.4.3结果和讨论
4.5小结
参考文献
第二部分蛋白质复合物结构预测
第5章用分子对接方法预测蛋白质复合物结构
5.1引言
5.2蛋白质—蛋白质分子对接方法
5.2.1分子对接的基本原理
5.2.2分子对接的关键步骤
5.3分子对接方法的研究现状
5.3.1分子对接方法的分类
5.3.2几种重要的分子对接方法
5.3.3国际CAPRI蛋白质复合物结构预测简介
5.4难点和亟待解决的问题
参考文献
第6章蛋白质结合位点预测
6.1引言
6.2蛋白质结合位点的分类
6.2.1结合位点上的热点残基
6.2.2锚残基结合位点
6.2.3模块结合位点
6.3常见的蛋白质结合位点预测方法
6.3.1基于序列的预测方法
6.3.2基于结构的预测方法
6.3.3基于理化性质的预测方法
6.4蛋白质结合位点预测实例
6.4.1基于主链氢键包埋的预测方法
6.4.2基于蛋白质表面氨基酸模块内部接触和外部暴露的预测方法（PAMA）
6.5展望
参考文献
第7章蛋白质分子对接打分函数设计
7.1引言
7.2经典打分参量
7.2.1几何互补项
7.2.2界面接触面积
7.2.3范德华与静电相互作用
7.2.4统计成对偏好势
7.3常用蛋白质分子对接软件中打分函数的设计
7.3.1ZDOCK打分函数
7.3.2RosettaDock打分函数
7.3.3HADDOCK打分函数
7.4打分函数设计实例
7.4.1基于蛋白质类型的组合打分函数
7.4.2基于结合位点信息的打分函数
7.4.3基于网络参量的打分函数
7.5展望
参考文献
第三部分用分子模拟方法研究蛋白质折叠
第8章蛋白质折叠研究简介
8.1蛋白质折叠的研究背景与意义
8.2蛋白质折叠的计算机模拟研究
8.2.1基于知识的蛋白质结构预测
8.2.2蛋白质从头折叠研究
参考文献
第9章用复杂网络方法研究蛋白质折叠
9.1复杂网络模型简介
9.1.1引言
9.1.2复杂网络的概念
9.1.3复杂网络的特征
9.1.4复杂网络在生命科学研究中的应用
9.2氨基酸网络模型及其在蛋白质折叠研究中的应用
9.2.1氨基酸网络的统计特性及其与蛋白质折叠的关系
9.2.2蛋白质去折叠路径上氨基酸网络特征量分析
9.3构象网络模型及其在蛋白质折叠研究中的应用
参考文献
第10章蛋白质折叠路径与折叠核预测
10.1蛋白质折叠路径研究
10.1.1Levinthal悖论与折叠漏斗
10.1.2蛋白质折叠机制模型
10.1.3蛋白质折叠路径的计算机模拟
10.2蛋白质折叠核的识别研究
10.2.1蛋白质两态折叠及过渡态的识别
10.2.2蛋白质折叠核的预测方法
参考文献
第11章用相对熵方法研究蛋白质折叠
11.1相对熵原理与方法
11.1.1引言
11.1.2基本理论与方法
11.2基于相对熵方法的蛋白质折叠研究
11.2.1接触势的选取
11.2.2接触强度的选取
11.2.3接触势系综平均值的计算
11.3模拟结果与讨论
11.4小结
参考文献
……
第四部分关于粗粒化模型
第五部分关于长程静电相互作用
第六部分药物分子设计方法与应用
中英文对照术语表
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